Gewassen hebben naast de hoofdelementen ook een aantal spoorelementen (in de regelgeving micronutriënten genoemd) nodig voor ongestoorde groei. Vaak zijn die elementen wel voldoende in de bodem aanwezig, maar niet altijd beschikbaar voor het gewas, hierdoor kan soms toch een tekort optreden. Voor sommige spoorelementen geldt ook dat zij vooral van belang zijn voor de gezondheid van het vee. Spoorelementen zijn borium (B), molybdeen (Mo), mangaan (Mn), koper (Cu), kobalt (Co), zink (Zn), ijzer (Fe), jodium (I) en selenium (Se). Jodium en selenium zijn niet benoemd als micronutriënten in de meststoffenregelgeving.

Een bemestingsadvies voor borium geldt alleen voor de gewassen: bieten, maïs, luzerne, koolrapen, knolselderij en wortelen. Bij suikerbieten uit een boriumgebrek zich door het optreden van hartrot, bij maïs doordat de kolven niet goed gevuld zijn. Boriumgebrek komt niet voor op grasland.

Voor molybdeen bestaat geen bemestingsadvies in Nederland. Tijdige bekalking is de beste methode om molybdeengebrek te voorkomen, omdat een lage pH het optreden van molybdeengebrek bevordert. Een te hoog molybdeengehalte remt de koperbenutting bij het vee.

Alleen voor zavel- en kleigronden is een grondonderzoeksmethode ontwikkeld voor de waardering van de mangaantoestand. Mangaangebrek kan alleen worden opgeheven door een bespuiting met een mangaanmeststof.

In de akkerbouw treedt kopergebrek eigenlijk alleen op bij haver en tarwe. Voor die gewassen is het belangrijk om te zorgen voor een voldoende kopertoestand. Op grasland is het Cu-bemestingsadvies niet in de eerste plaats gericht op de opbrengst, maar op de gezondheid van het vee. Koper vormt het werkzame bestanddeel van een groot aantal enzymen, die onder andere betrokken zijn bij de vorming van bloed, beenderen en haar.

Kobalt, zink, ijzer en jodium zijn vooral van belang voor de gezondheid van het vee. Daarbij geldt met name voor jodium dat verhoging van de gehalten in het ruwvoer via bemesting zeer inefficiënt blijkt te zijn. Wel leidt intensief graslandgebruik op vooral zandgrond en rivierklei tot duidelijk lagere jodiumgehalten in het ruwvoer.

Het seleniumgehalte in de plant is in sterke mate afhankelijk van dat in de bodem. Per streek kan het seleniumgehalte van de grond sterk variëren. Selenium is van belang voor de gezondheid van het vee. Een bepaling van het seleniumgehalte in de grond is echter onvoldoende betrouwbaar voor de beoordeling van de seleniumvoorziening van het vee. Bemesting met selenium is mogelijk om de voorziening in het ruwvoer op peil te brengen. Een bemesting met 7,5 à 10 gram Se per ha is daarvoor voldoende. Een combinatie van seleniumbemesting en seleniumverstrekking via krachtvoer en/of mineralenmengesels is af te raden vanwege het risico van seleniumvergiftiging (overmaat).

Voor zover er bemestingsadviezen voor spoorelementen bestaan zijn ze voor grasland en voedergewassen te vinden via https://www.bemestingsadvies.nl/nl/bemestingsadvies.htm en voor de akkerbouw en vollegrondsgroententeelt via http://www.handboekbodemenbemesting.nl/nl/handboekbodemenbemesting/Handeling/Bemesting/Sporenelementen.htm